不管怎样先进的技术，它对人体的副作用一直都是存在的，主要副作用有：
1.会增加早期自发流产率高。可能与宫腔内授精越过了宫颈粘液对精子代孕婴儿自然选择过程有关。
2.由于宫颈管代孕婴儿杀菌屏障被越过去了，增加了感染机会，有报道能引起附件炎和盆腔炎。虽然在整个精液处理、冷冻及人工授精过程中均严格按照无菌操作，但采集到代孕婴儿精液本身并非绝对无菌。
3.若注入精液时压力过高，速度过快，可引起子宫痉挛性收缩，表现为女方下腹痛。
4.心理方面：性交方式代孕婴儿改变对心理有一定影响；人工授精本身造成代孕婴儿精神紧张与迫切要求妊娠心理对排卵活动代孕婴儿规律性有一定代孕婴儿影响。
5.可引起妇女对精子敏感性增加代孕婴儿危险性。
6 .可能会引起出血和损伤.
