乙肝大三阳的治疗要包括抗病毒、增免疫、保肝护肝、抗纤维化，把它们一起进行综合治疗。而目前还是采用抗病毒治疗，常用的药物有干扰素、核苷类药物，免疫调节剂等。干扰素因为其有较为肯定的抗病毒疗效，而且可以抗肝纤维化和降低肝癌的发生率，所以是目前抗病毒治疗的主打药品。
目前抗病毒的药物多数都有调节免疫功能的作用，但中药在条件免疫功能方面的作用比较显著。肝病专家指出，过多服用保肝护肝药物亦可伤肝。而且保肝、护肝治疗只是在控制肝功的异常，而对HBV病毒本身并没有杀灭或者抑制作用，所以只是治标不治本，当然也就不存在用保肝护肝类药物转阴的可能。抗纤维化治疗在乙肝大三阳治疗中的作用是不容忽视的，肝纤维化是乙肝向肝硬化、肝癌发展的桥梁，如果不能阻止肝纤维化的进程，乙肝大三阳依然会发展为肝硬化、肝癌，那么乙肝大三阳的治疗就没有起到应有的作用。
