目前寨卡病毒的并发症尚不清楚。2015年寨卡病毒高发期间，新生儿出现小头畸形的概率增高，多与寨卡病毒感染有关。另外，自波利尼西亚发现寨卡病毒后，患者得格林—巴利综合征的概率也增高。小头畸形、格林巴列综合征可能为寨卡病毒并发症。
何为小头畸形？小头畸形指婴儿头部比同龄婴儿头部小很多，直接原因是妈妈在怀孕期间感染疾病，婴儿在子宫内脑部发育异常。婴儿小头畸形也可能由其他原因所致，如环境污染、先天遗传、妈妈喝酒过度或子宫有毒素等。另外，妈妈在怀孕期间感染病毒，如出风疹等，婴儿出生后也有可能小头畸形。小头畸形儿大脑发育异常，智力会比同龄人低。
何为格林巴利综合征？巴利综合征是一种常见的脱髓鞘疾病，临床表现有运动障碍、感觉障碍、放射障碍、植物神经功能障碍及乳头水肿。病情危重者四肢瘫痪、吞咽困难、呼吸困难，得不到缓解，生命会有危险，即使度过危险期，也有可能出现一系列并发症，如坠积行肺炎脓血症、肺栓塞尿潴留、褥疮深静脉血栓等。
