慢性前列腺炎的病因很复杂，而且要看到底是哪种慢性前列腺炎。慢性细菌性前列腺炎主要为病原体感染，以逆行感染为主。非细菌性前列腺炎是多种复杂的原因和诱因引起的炎症、免疫、神经内分泌参与的错综的病理变化，导致以尿道刺激症状和慢性盆腔疼痛为主要临床表现，患者通常还会有精神和心理上的症状。
1、慢性细菌性前列腺炎
这种慢性前列腺炎的主要致病因素为病原体感染，病原体主要为葡萄球菌属，其次为大肠埃希菌、棒状杆菌属及肠球菌属等。前列腺结石和尿液反流可能是病原体持续存在和感染复发的重要原因。
2、慢性非细菌性前列腺炎
这种慢性前列腺炎的病因比较复杂，很可能是病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动和免疫异常等共同作用的结果。
（1）病原体感染
临床某些以慢性炎症为主、反复发作或加重的“无菌性”前列腺炎，可能与这些病原体有关，如厌氧菌、L型变形菌、纳米细菌、或沙眼衣原体、支原体感染。其他病原体如寄生虫、真菌、病毒、滴虫、结核分枝杆菌等也可能是该型的重要致病因素。
（2）排尿功能障碍
某些因素引起尿道括约肌过度收缩，导致膀胱出口梗阻与残余尿形成，造成尿液反流入前列腺，不仅可将病原体带入前列腺，也可直接刺激前列腺，诱发无菌的“化学性前列腺炎”。
（3）神经内分泌因素
前列腺痛患者往往容易发生心率和血压的波动，表明可能与自主神经反应有关。
（4）盆腔相关疾病因素
部分前列腺炎患者常伴有前列腺外周带静脉丛扩张、痔、精索静脉曲张等，提示部分慢性前列腺炎患者的症状可能与盆腔静脉充血，血液於滞相关，这也可能是造成久治不愈的原因之一。
（5）精神心理因素
经久不愈的前列腺炎患者中一半以上存在明显的精神心理因素和人格特征改变。如：焦虑、压抑、疑病症、癔病，甚至自杀倾向。这些精神、心理因素的变化可间接进一步加重症状，消除精神紧张可使症状缓解或痊愈。但目前还不清楚精神心理改变是其直接原因，还是继发表现。
