进入墓陵的第一层，科学家发现通道梯台出现裂缝，当他们打开梯台之后发现第二层历史更为久远的地下室。考斯兹库尔说：“我认为将在地下墓室内可以获得更多的惊人发现，但当前挖掘探坑非常狭小，难以展开全面挖掘工作。
在2000年前的地下二层墓室里发现死亡女性的头骨放在一个碗状容器内，如图，这是碗状容器中盛放的女性统治者的头骨残骸。如图，11号圆圈区域有石灰岩条，或许这是制作渔网的工具;12号圆圈包含着粘土烹饪盘和蓝色刀具，后者可能是用于祭祀供奉仪式。
在上层墓室中发现9把公元600-700年间燧石刀，其中至少4把燧石刀上涂有蓝色涂料，这种色彩与涂在祭祀者身上的色彩一样，暗示这种神秘蓝色燧石刀可能用于祭祀杀戮。
在墓陵中考古学家发现3枚带有面部图案的戒指，推测这是女性统治者死亡至少100年之后祭祀者放置的其中一件供品。公元800-900年，伴随着玛雅王朝的没落，玛雅统治者开始放弃纳库姆及其周边城市，目前考古学家仍未对当时这一变动的根源达到一致认同观点。
考古学家在上层墓室发现统治者尸体胸前佩戴的较大翡翠胸饰和颈甲，上面雕刻的一些文字颇具神秘性，美国宾夕法尼亚大学西蒙-马丁(Simon Martin)将这些文字翻译之后是一个叫做Ixim Chan的人名，或者是“玉米色蛇神”。然而翡翠饰件还包含着“Yaxha”的字样，这是距离纳库姆南部17公里的一座玛雅城市的名称。
